Obtožbe v javnem pismu, ki sta ga podpisala predsednika Visokošolskega sindikata Slovenije in Sindikata vzgoje, izobraževanja, znanosti in kulture Slovenije z naslovom »DOVOLJ imamo institucionalizirane korupcije ter neresnega odnosa ARRS do raziskovalk in raziskovalcev!«, so izjemno resne in jih zavračamo.

Javna agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije  (v nadaljevanju: agencija) deluje skladno s svojim poslanstvom in nalogami, ki so opredeljene v zakonodaji in v sklepu o ustanovitvi agencije. Agencija ima tri organe, to so Upravni odbor agencije, Znanstveni svet agencije in direktor. K pravilnikom za izvrševanje javnih pooblastil, ki podrobneje opredeljujejo organizacijo upravljanja agencije z javnimi sredstvi, po opravljeni javni razpravi soglasje poda tudi pristojno ministrstvo. V postopkih odločanja o prijavnih vlogah odloča obsežen mednarodni ekspertni sistem, za pripravo seznama recenzentov pa skrbijo znanstvenoraziskovalni sveti ved.

Delovanje agencije je z vidika učinkovitosti izvajanja raziskovalnih programov in raziskovalnih projektov pred kratkim pregledalo tudi Računsko sodišče Republike Slovenije. Agencija je 17. 1. 2019 prejela tudi ugotovitve Komisije za preprečevanje korupcije Republike Slovenije. Na podlagi predhodnega preizkusa je komisija ugotovila, da ima agencija dobro urejen institut nasprotja interesov.

Agencija je v preteklem mandatnem obdobju bistveno okrepila komunikacijo z javnostmi. Ob spremembah predpisov in pred razpisi je izvajala javne posvete ter vpeljala vsakoletni dogodek Dan ARRS, na katerem pod sloganom Podpiramo odličnost potekajo razprave o strokovnih vprašanjih, vsakoletni novi generaciji mladih raziskovalcev pa se predstavijo uveljavljeni raziskovalke in raziskovalci.