Imenovanje, pristojnosti in odgovornosti direktorja agencije so urejeni med 19. in 24. členom Sklepa o ustanovitvi Javne agencije za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije (Uradni list RS št. 123/03, 105/10, v nadaljevanju: Sklep o ustanovitvi).

Skladno z 21. členom Sklepa o ustanovitvi, so pristojnosti in odgovornosti direktorja agencije:

• Direktor zastopa in predstavlja agencijo, organizira in vodi delo ter poslovanje agencije ter opravlja druge naloge skladno s predpisi.
• Direktor zagotavlja, da agencija posluje v skladu z zakonom, tem sklepom in splošnimi akti agencije.
• Pri svojem delu mora varovati poslovno skrivnost agencije.
• Direktor je za svoje delo odgovoren upravnemu odboru, ministru, pristojnemu za znanost, in vladi.
• Direktor mora pri svojem delu ravnati nepristransko in s skrbnostjo dobrega gospodarstvenika ter varovati poslovno skrivnost agencije. Direktor odgovarja agenciji za škodo, ki jo je povzročil s svojim nevestnim oziroma protipravnim ravnanjem.

Nadalje pristojnosti direktorja agencije precizira 22. člen Sklepa o ustanovitvi:

• sprejema akte v posamičnih zadevah iz pristojnosti agencije, če s predpisi ni določeno drugače,
• sprejema splošne akte agencije, s katerimi se urejajo vprašanja, pomembna za delo in poslovanje agencije (interni splošni akti),
• na podlagi predloga znanstvenega sveta agencije odloča o izboru prejemnikov proračunskih sredstev na področju raziskovalne dejavnosti,
• pripravi predlog programa dela in finančnega načrta agencije,
• pripravi predlog letnega poročila o delu agencije,
• pripravlja strokovne podlage za opravljanje nalog upravnega odbora ter izvršuje usmeritve in sklepe upravnega odbora,
• pripravlja predloge splošnih aktov agencije, ki jih sprejema upravni odbor,
• podpisuje akte, listine in druge dokumente ter sklepa pogodbe, ki se nanašajo na poslovanje agencije,
• imenuje komisije in druga delovna telesa za izvedbo posameznih strokovnih nalog in
• opravlja druge naloge, ki so v skladu s predpisi, splošnimi akti agencije za izvrševanje javnih pooblastil, statutom in internimi splošnimi akti agencije.